《名侦察柯南》之主线剧情收拾

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　　身为女明星的工藤有希子和沙朗一起向魔术师黑羽盗一（即怪盗Kid的父亲）学习易容术，两人因而相识。
　　实在身份为黑衣组织杀手的沙朗杀害了一直在调查组织的FBI探员，即朱蒂的父亲，并纵火烧了朱蒂的家以毁尸灭迹，只有年幼的朱蒂幸免于难，并被她父亲的同事以“证人掩护打算”保护起来。沙朗对小朱蒂说的“A secret makes a woman woman”令她印象深入，并成为她日后的口头禅。（奇怪的是，当时既有朱蒂这个物证，又有沾有沙朗指纹的朱蒂父亲的眼镜这个人证，为何不把沙朗抓起来呢？可能她已经易容了吧。）
　　高中生工藤新一和青梅竹马毛利兰到纽约游玩，有希子接待他们看百老汇的歌剧《黄金苹果》，在剧院门口两人遇见并认识了沙朗，但是在歌剧开演前沙朗借口有当时行分开。歌剧中发生谋杀案，新一协助破案后，有希子留下录笔供，让两人先乘taxi回酒店。路上两人为找沙朗给兰的手帕而下车，兰先是遇见了正在追捕银发强盗的赤井秀一，后又在废仓库遇见受伤逃跑中的银发强盗。银发匪徒欲将二人灭口之际因栏杆断裂而从高处掉落，被兰和新一所救，事后银发强盗被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。依照后来剧情的说法，当时的银发强盗其实是沙朗为让赤井秀一漫不经心以便于刺杀而假扮的（但似乎仍没有胜利，自己倒挂了彩）。这也是为什么现场合有的痕迹都被抹去的原因（当然真正的银发强盗早已被灭口并假装成自杀）。可见当时赤井应该已经与黑衣组织有接洽，不然沙朗不会大费周章要杀掉他。从沙朗躲起来但看到赤井秀一都不敢开枪来看，黑衣组织对其应该极为害怕。长发，灵敏的洞察力，表面冷淡，和Gin（琴酒）相似的狠劲，在这次事件中展现了出来。正因为沙朗被两人救过命，所以日后才对两人处处保护。事后她在和有希子的电话中提到“看来我也有自己的天使”，指的应该就是兰（尔后一直将兰称为天使）。另外故事最后提到赤井秀一和FBI在一起，暗示了他的身份。
　　沙朗假造了自己的死亡，并以自己的女儿克丽丝的身份持续生涯，在组织里代号是“贝尔摩德（Vermouth，即苦艾酒）”。捏造死亡的原因可能是身份暴露，不过她应该有过某种际遇，甚至于真实的模样变得很年青（个人认为可能与APTX4869有关）。当前就称她为“贝尔摩德”。
　　工藤新一有一次和兰一起在游乐场玩时发现黑衣组织的交易，在跟踪过程中不慎被打昏，并被Gin强行灌下了APTX4869而变成了柯南。为了粉饰身份，柯南寄住在兰家里，并在帝丹小学就读。
　　在“电玩公司杀人事件”中，柯南偶遇黑衣组织的成员Tequila（龙舌兰），但是他被炸死了。
　　黑衣组织的基层成员宫野明美（化名广田雅美）介入了组织10亿元银行抢劫案，得手后因背叛组织被Gin所杀，其妹宫野志保因此不愿继续APTX4869的研发而被囚于瓦斯室。绝望中她服下了偷藏的APTX4869想要自杀，没想到与新一一样没被毒死而身材缩小成儿童时代的样子容貌，得以摆脱手铐从垃圾通道逃了出来。她知道新一也变小了，所以想要向他求助，最后倒在新一家门口，被阿笠博士所救，并寄住阿笠博士家，与柯南同样就读帝丹小学，并改名灰原哀。
　　在“黑暗中的死角杀人事件”中，新出明智的（就是那个常在帝丹高中出没的医生）的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案（这是真正的新出明智唯一的一次出场，直到与黑衣组织、贝尔摩德正面交锋之后）。同时为保护无辜的女佣，警方修正了案件记载，这一点日后成为朱蒂用来指证冒充的新出明智的重要根据（这个故事是100多集的时候，可见73老狐狸良久之前就开始埋下伏笔，果然是老狐狸）。
　　在“与黑衣组织的再会”中，哀被组织成员Pisco（皮斯克）绑架，后在柯南的帮助下逃脱，Pisco因身份裸露而被Gin灭口（当时贝尔摩德也在现场，事后息影并在日本假寓下来）。因为哀感到当时有其余组织成员在场，事后柯南开端猜忌她也是组织的一员。
　　贝尔摩德制造车祸打算害死新出明智一家，并开始混充新出明智的身份。另一方面，长大的朱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到了日本，在觉察了贝尔摩德的妄图后暗中救下新出理智，并且自己以帝丹高中英语老师的身份埋伏下来，以便于监视。朱蒂通过比对指纹，发现了沙朗=贝尔摩德的秘密。
　　在“搏斗游戏的陷阱”中，朱蒂与柯南相识，并看见他借助园子破案。这是朱蒂的首次正式登场，显然她发现了柯南不简单，并且可能已经知道了内情。不过事后她打电话给同伴时，“糜烂的苹果”这一代号指的是化装成新出的贝尔摩德。可恶的老狐狸在此处就说“苹果是智慧果，暗指侦探”，显明的误导啊！
　　在“神秘的乘客”中，本集刚开始时Gin和贝尔摩德的一段就表明了本集与主线有关。少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的朱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员而变得非常惧怕。后来公车被强盗劫持，虽然最后在世人的尽力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的公车上想一死了之，最后被柯南所救。现在看来哀感觉到的组织成员就是贝尔摩德（但老狐狸误导我们往赤井秀一这边靠），而朱蒂与她在一起应该是为了监视其行踪。同时，本集也是赤井秀一的第一次正式登场，在最后他的呈文“目标还没有出现”表明他正在监视什么人，有说法认为他在监视贝尔摩德，但我认为朱蒂既然已经知道新出的身份，没必要让赤井协助。所以目标应该不是贝尔摩德，有可能是因为搜查新出（贝尔摩德）办公室时看见了哀的照片，所以在寻找哀。因为贝尔摩德也在找，所以他跟踪她寻找哀的可能性极大。好在在柯南的保护下无论是朱蒂和赤井或是贝尔摩德都没有发现到哀。老狐狸又一次将我们的视线集中在赤井身上，欲误导我们赤井的身份。另外值得一提的是新出（贝尔摩德）在车上有维护柯南的举动。
　　在“从芝加哥来的男子”中，柯南等人认识了来自芝加哥的白叟“詹姆士?布莱克”，后来他被误以为是某名人而遭绑架，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走。这个詹姆士应该是朱蒂和赤井的上司，这一集主要就是让他露一下面，免得日后出现时过于冒昧。这里要八卦一下，最后赤井提到自己被女朋友甩了，个人感觉这个女朋友是哀的可能性十分大（当年作者这么写的，现在当然知道不是啦）。
　　佐藤警官去和白鸟警官相亲，终极高木在柯南的帮助下成功禁止。本集固然是本厅刑事恋爱物语，但值得留神的是柯南是利用新出来到达假冒高木的目标的，但新出（贝尔摩德）赞助他圆了谎，这表明了贝尔摩德此时已经知道了柯南＝新一的机密，原因可能是身为有希子的友人，她很可能见过新一小时候的照片，因此发现了这个秘密。当然，他依然谁也没告诉。另外从这一集开始新出出场的次数开始频繁，暗示他是与主线相干的人物。
　　在“犯法的留念品事件”中，案件自身无关紧要，与主线有关的是暮目警部提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相称缓和。偷案卷的是贝尔摩德，主要目的是了解与新出相关的那个案件（惋惜仍旧漏掉了女佣那个细节），将相关案卷全体偷走就是为了误导FBI她的目的和毛利有关，在故事的最后有赤井监督毛利侦探事务所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利。同时关于赤井的身份我们也进一步被老狐狸误导。
　　在“叉方块三角（×□△）事件”中，案件本身仍然无关紧要，重点是柯南又一次在朱蒂眼前破案。本集有几点值得注意：一是朱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了FBI；二是在案件中兰回忆起自己曾经见到过“带黑色针织帽的男子（即赤井秀一）”。最后就是在故事结尾贝尔摩德发邮件给Gin，提到了Sherry（雪利酒），并且向打了叉的宫野志保（即哀）的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。可能这个时候贝尔摩德正式接到组织追杀哀的指令。
　　在“西部明侦探VS英语老师”中，案卷的丧失让柯南很不安，他基础确定了克里丝是组织的成员，并进一步疑惑朱蒂＝克里丝，刚巧赶来的服部平次（弥补：服部平次――关西高中生侦探，与工藤新一齐名，与柯南第二次见面时就已识破其身份，后两人很有默契地保密至今，与柯南联袂破了不少案子，但究竟不是主角，总感觉推理不如柯南）对此很感兴趣，于是煽动柯南去朱蒂的公寓试探。在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。本集的重点就是在最后朱蒂的浴室镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的笔迹和贝尔摩德的截然不同，按照后来的说法，这是朱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的。同时朱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀，不过当时这些照片的出现，老狐狸显然给了我们朱蒂＝贝尔摩德的很大的误导。另外柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。
　　少年侦探团去森林中寻找光彦，本集提到了另一个组织的成员邵渊己一郎，实在此人在浪花持续杀人事件就曾涌现，而且不过是组织里一个可有可无的小角色罢了。
　　在“黑色的脚印”中，小五郎受托寻找失落的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员Tequila接触的对象。最后通过追查案件，柯南取得了组织的线索――板仓的日记。案子的最后柯南和兰遇到了赤井秀一，在谈话中赤井提到了一个名义刚强、暗地流泪的女孩（应该就是指他的女朋友，哀的可能性非常大――同样，现在我们知道原来不是的）。另外借此柯南也了解到了当年兰和赤井相遇的事情。
　　PS：曾经有人提到，对赤井说兰“常常”哭感到难以懂得，其实这是因为赤井曾经监视过毛利侦探事务所，因此多次看见兰暗暗呜咽。认为他这句话是对柯南说的，表明自己就是监视毛利侦探事务所的人，但是没有歹意。
　　柯南通过板仓的日记了解到了黑衣组织的行踪，并试图冒充板仓与Vodka（伏特加）接头，但是被Gin识破而失败。虽然是和黑衣组织的较量，但是和主线剧情的关系并不大（感觉Gin和伏特加都被消除在主线之外了）。独一的影响就是最后柯南和哀离开时“凑巧”被赤井看到，好像哀也对此有所感觉，惶恐地回首时赤井已经消散。另外板仓的日记中提到黑暗组织的宏大计划甚至影响到人类的前程，看来我们的柯南“救命世界”的老套不远了。
　　在“金钱买不到的友情”中，剧情本身和主线无关。但是在开始时，阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很著名的疯狂科学家，而母亲艾雷娜是一个英国留学生，并且黑暗组织可能正在从事让死人复活的恐怖计划。
　　在“黑暗中的骗局”中，少年侦探团遇到杀人事件，柯南协助解决。其中值得注意的是在故事的全部过程中柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫废弃。最后赤井秀一的出场，表明跟踪他们的人是FBI。由于哀与照片中的人物相似，因此FBI预测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”，暗示他和哀以前就曾相识，奇怪的是朱蒂和赤井好像不常联系，也不是时常互通讯息。
　　哀得了感冒发热，博士和柯南送他去医院，但在泊车场遇到命案而被阻，后来又遇到购物中的兰、园子和朱蒂。发现他们行踪的赤井秀一也跟踪而至。最后柯南解决了案件，但是博士却借朱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。故事的最后出现了贝尔摩德将哀的照片销毁，并说“筹备好了吗？我发现了，我去找你了”的画面。这下哀可算是彻底暴露了，贝尔摩德和FBI双方都知道了她的住址，贝尔摩德还在博士家安了窃_听器。
　　博士带柯南和哀去拜访哀父亲生前的挚友――设计师出岛壮平，试图懂得更多对于哀父亲的事。当然在设计所免不了又发性命案。柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐明美想法藏在设计所的，哀的母亲留给哀的录音带。哀的母亲在留给哀19岁的录音中应当提到了某件惊人的事情，不外出于老狐狸爱卖关子的嗜好，咱们对此仍一窍不通。另外在故事的最后，贝尔摩德打电话找组织成员“Calvados（卡尔瓦多斯，即苹果酒）”来帮忙，正谋划着某项举动。
　　PS：这位Calvados可算是组织出场成员中最霉的一个，连个脸都没露就挂了。
　　朱蒂辞去了帝丹高中老师的工作（显然预示着将有所行动）。不过在兰和园子到朱蒂家开Party时，兰意外发现了镜子背地的照片。
　　在“与黑衣组织的直面对决，满月之夜的双重谜案”中，终于到了热潮了，各方权势都有所行动。贝尔摩德策划了幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和Gin，试图“调虎离山”引开柯南而刺杀哀。朱蒂了解到了这个计划，领先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但贝尔摩德已经知道了这个陷阱，并将计就计作了支配。另一方面，柯南邀请服部化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触，但哀不释怀柯南去，而偷了柯南的跟踪眼镜跟踪前往。最后，兰因为想了解朱蒂的真正身份，躲在了朱蒂的汽车后备箱里……真是盘根错节，其间各方势力彼此抵触，各个密底纷纷揭晓，局势几变，详细情节也不胪陈了。最后贝尔摩德还是逃脱了赤井的追捕，也又一次放过了柯南，并且向Gin瞒哄了柯南和哀的事，而朱蒂设法瞒过了兰，兰仍然一问三不知……其间赤井身份终于水落石出――FBI特工。事件中，他用枪打断埋伏在集装箱处的Calvados的双腿（后者在事件最后自杀），解救了朱蒂，并用霰弹枪打断身穿防弹衣的贝尔摩德的三根肋骨（可见是个可怕的角色）。当他用戏谐的语气说出“来福枪，霰弹枪，还有三八手枪，我还以为是个军火贩子呢，不过现在断了双腿，作不成交易了。”时，其对黑衣组织成员冷酷无情的酷劲展示无遗。被黑衣组织称为“银色枪弹”的赤井，在其他FBI被贝尔摩德用易容术支开后还能回来解救朱蒂足见其智慧。总之一切情况照常，青山骗钱计划继承！但令人快慰的是觉得多了一支新力量，从此柯南不再孤独，有FBI的参与，他们更增加了信念，加上赤井秀一这样的狠角色，使人看到Gin也不像以往那般害怕，并等待他们二人能演出一场出色的对决。
　　PS：在最后赤井说出了“现在仍不是我和那个女孩（指哀）会晤的时候”的话，表明他们有深沉的关系，而事后朱蒂曾邀请哀参加“证人保护规划”，被哀谢绝。
　　在“黑色的冲击！黑衣组织魔爪伸出的瞬间”中，承继了老狐狸的一贯作风。小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰，便与柯南和兰一同前往怜奈家。小五郎等人虽抓到了“犯人”，但同时，柯南却从装置的窃_听器中发觉到怜奈实际时黑衣组织成员（代号“Kir，基尔酒”）一事。随后，黑衣组织制订了于下战书1点在ADP地点暗杀一个代号为DJ的人的计划。亲密关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南。为了阻止暗杀计划，就要知道ADP地点和DJ的意思是什么，随即开展了推理……终于代号毫无悬念的被解开柯南和朱蒂及时赶到了现场，在Chianti（基安蒂）和Korn（科恩）（两位新登场的人物，组织中厉害的狙击手，因为Calvados的死而很讨厌贝尔摩德）着手狙击前阻拦了暗杀。最后水无怜奈（Kir）失手被擒，身受重伤，至今仍昏迷不醒。同时Gin发现了柯南遗留的窃_听器，第一时光联想到与怜奈有过偶尔接触的我们的毛利侦探。于是暗杀指令目标直指小五郎，地点――米花町五丁目毛利侦探事务所！赤井又在最后时刻登场，拯救了Gin等人枪口下的毛利及朱蒂、柯南等人，用精准的枪法打碎Gin捏在手里的沾有柯南指纹的窃_听器，险些洞穿Gin左眼，与黑衣组织用狙击枪进行了枪战，似乎击中了Gin（穿防弹衣），使Gin被迫下达退却的指令。有史以来第一次看见Gin紧张的表情，真是过瘾啊！（ 同时在本集詹姆士说出了赤井秀一女友已经死亡。）赤井精准的枪法，正确的预感能力，以及那句“久违了，我敬爱的――宿敌啊”，让人觉得黑衣组织除了新一之外，切实是该先斟酌把他除掉再说。
　　水无失事之后，兰的班上就来了个转校生――“容貌酷似水无怜奈”的本堂瑛佑（很大智若愚的角色）。由于自称崇敬毛利小五郎，未几就到毛利家玩，然后又到处“磕磕碰碰”，很可疑哦！之间应该不会没有一点关系吧？水无怜奈不是曾对柯南说过她有个弟弟吗？且本堂并不是看起来那么傻：他一开始是这么对小五郎说的：“请把您的运气分给我一点吧！因为您不是一直在睡着的时候解决事件的吗？运气真实                  未审太好了！一定是那时有神明附在你身上！”这句话很可疑，似乎话中有话。柯南也曾怀疑过他，但似乎被他掩盖过去了。在之后的几个案子里，他偶然也会发表一句名推理。最可疑的是本堂瑛佑总是在暗中视察柯南的一举一动（这在最近的446、447被封印的欧式窗户中相当显著），察觉这点的柯南无法在案件中顺利应用麻醉针。种种迹象表明，本堂瑛佑一开始就不是冲着小五郎来的。作为一个转校生，转学之前是不可能认识柯南的吧，来了就把锋芒直指柯南，这阐明他是有来头的。那他的真正目的又何在呢？他又是从何而来呢？
　　纯属虚构的多少种猜想：一、他是好人 。但老狐狸不会马马虎虎在情节里忽然加上这么个“好人”，必定对故事情节有推进作用，可能是和组织有点关系的。二、他是坏人 。而且有可能就是组织的喽罗，而且是吃了APTX4869变小的水无怜奈的父亲。水无落到FBI手中后，组织本应该立即除掉她，但没有这样做，所以一定有原因，因为是自己的女儿，所以组织喽罗决订婚自出马来到毛利家中调查。水无看似不是出于被迫加入组织，可能也是这个原因。三、他是水无的弟弟并知道组织的事情。他模糊感到了柯南就是新一的事实但并不断定，便来到柯南处暗中察看柯南。总而言之，本堂瑛佑真正的身份仍是要等老狐狸来解答了。
　　在“黑衣组织的影子”中，本堂瑛佑说在一个个人主页的站永日记中发现了一件类似福尔摩斯的小说《红发同盟》中的事件。日记上写着这是一件会有很高报酬的工作。柯南等人认为这项工作存在许多疑点。决定前往放置垃圾的场所一探索竟，垃圾场附近发生了枪杀事件，警方认为抢劫的目的很明白，但是被害人的儿子透司说是由于母亲说出了交通事故的真相，所以被杀人灭口了，而透司是水无怜奈那起交通事故的目睹者。另一方面，Gin似乎也暗示了Kir与本堂这个姓，有着特别的关系，进一步暗示本堂与水无怜奈的关系非同个别。
　　在“红与黑的碰撞”系列中，柯南来到大阪与服部平次等人游玩，并委托服部查问水无怜奈的消息，因为柯南发明了与水无怜奈极其类似的人的照片，出当初大阪。另外，柯南与兰、园子一起前往西米花医院探访初中的同学，看望后，园子在医院的走廊看见了本堂。本堂手持水无怜奈的照片向护士打听着什么……
　　平次打电话给柯南告知他大阪有人认识瑛佑，因为瑛佑小时候曾经和父亲一起去大阪的拉面屋吃拉面，然而店长已经逝世。所以柯南、阿笠博士和灰原哀决议访问住在东京并且认识拉面店长的模型喜好者西郡家里，并看到瑛佑小时候无意间照的照片，在上面看到了他的父亲，并了解到其父常和黑西装的本国人打交道，并在Company工作……
　　兰说瑛佑在医院探听姐姐新闻的时候，遇到了疑似父亲共事的人。柯南惊慌是组织的人来到了水无所在的医院，于是前往FBI与水无所在的病院向FBI告诉情形。在柯南的辅助下，FBI找出了黑衣组织派来的成员楠田，但在其流亡进程中自残身亡。同时Gin等人也晓得了水无所在医院，正在赶往医院的路上……
　　柯南向朱蒂老师等人了解到了赤井悲惨的从前，包含其女友其实是哀的姐姐宫野明美。另一方面，瑛佑潜入水无的病卧想要了解事实的本相，却被潜伏的柯南、赤井拦下。本来水无的确是瑛佑的姐姐，瑛佑因为患过白血病，用过别的人的造血干细胞和经过骨髓移植的手术，使他的血型改变，而自己不知。瑛佑了解姐姐和父亲同是CIA探员后，赤井和柯南派人带走瑛佑。当年父亲惨死的故事再次被提起，FBI与水无定下商定，决定让水无以Kir的身份重回组织，为CIA和FBI供给线索，但是以CIA的工作需要优先。赤井赞成后一切依旧。而此时，其别人还不知道这个计谋。组织终于开始行动了，陆续在医院四周制作了三起事故，使得须要就医的职员增多，大批病人赶往FBI所在医院。同时，詹姆士受到了一盆装有塑料定时炸弹的花，探员卡梅尔和朱蒂决定将塑料炸弹带到空阔处引爆并离开了医院。然而却有越来越多的花和礼物被送到了医院中，FBI担忧是炸弹，命令所有探员一起回收礼物，但在病房电视上看到了水无怜奈痊愈接收电视访问的节目。FBI大为惊奇，纷纭赶往水无所在病房一探毕竟，却不料中了组织的计策。其实礼物中装的并不是炸弹，而是定位仪器。众多定位仪器一起同时俱向统一个房间，Gin等人完整把握了水无的地位……赤井决定用事先部署好的计策把水无送回黑衣组织。经过周密安排后，决定由卡梅尔（这位出场时一度让人认为是内鬼，长确实是一副坏人脸）驾车护送水无，Gin经由三思而行后，终于找到了水无。其实却中了赤井的计策！卡梅尔则杰出的表演了飚车失败、坠崖后被炸死的一场戏，保险脱身。事后，赤井和柯南向大家讲述了所有。
　　水无被接走后，Gin和“那个人”都很怀疑。为了证实Kir的虔诚，决定给她任务，并请求即时实现。这义务便是杀死赤井秀一！而Gin等人会通过无线电和针孔摄像机监视她的行为.。赤井接到水无的电话怀着信赖的心境赶往接头地点。与她约好的水无果然举起了枪射向赤井右肺部，并应Gin要求爆了赤井的头，最后炸毁了赤井的车子……朱蒂看到车子被炸消息，失望的来到警局通过之前附着在柯南手机上的指纹与没有被炸毁的赤井的手指纹比拟，而她扫兴的得到“指纹合乎”的认证……柯南在拿回手机的时候，发现手机的序列号条型码转变了……但没有问朱蒂原因，朱蒂也没有告诉柯南赤井的消息。
　　为了保护瑛佑，FBI决定对瑛佑实施证人保护筹划，同灰原一样，瑛佑也拒绝了保护，但FBI仍然要暗中保护瑛佑。一天放学，柯南、兰、园子和瑛佑决定去KTV唱歌，柯南发现有人尾随他们，柯南认为是FBI保护瑛佑的，可没想到，在KTV中，尾随瑛佑的人被杀了……经过柯南的剖析推理后，死者其实是诱拐犯。事件解决后，瑛佑和柯南独自走在一起，瑛佑表示要离开日本前往美国，并借提出要向兰表白套出了柯南的真实身份。
　　柯南和FBI等从水无那里得悉组织中呈现了新成员Bourbon（波旁威士忌酒）。此时，少年侦探团接到一个同窗的委托，调查其家中的一个有着奇异举动的租客。第二天，少年侦探团来到博士家邻近的公寓，不料公寓产生了火灾。警察随即考察三个嫌疑人，而此时哀感觉到他们中有组织的错误……事件解决后，嫌疑人中有位叫冲矢昴的研讨生通过少年侦察团意识了博士并提出合住的设法，但哀不批准。此时柯南却自动提出让冲矢昴住进本人的家中！
　　关于这位冲矢昴，假如不出意外，他就是其实还未就义的赤井秀一，提醒点太多不逐一赘述，总之，除非老狐狸成心耍我们，否则他应该就是赤井没错，现在就看他以什么情势回归了！当然，恐怕这一等又是两年，极有可能的。
最后，仍旧是关于黑衣组织的一点八卦――

　　
　　Gin（琴酒）――有着冷淡的眼神，杀过很多人也不在乎的样子。在组织里好像有极高的位置。和Sherry似有很深的关联，是个智能型的罪犯，和柯南屡次交手都未曾吃亏。有一辆从德国买来的玄色保时捷，型号是356A。初登场：001“云霄飞车杀人事件”。
　　Vodka（伏特加）――长的无比壮，脑筋简略，遇事没有主意，做事不细密，全听Gin的，称Gin为“老大”。初登场：001“云霄飞车杀人事件”。
　　宫野明美――化名广田雅美，已故，组织的基层成员。参加了组织10亿元银行抢劫案，到手后因背离组织被Gin所杀。和妹妹志保不同，因为是基层成员，所以可以像畸形人一样生活，但其实是在组织的监控下。是为了让志保脱离组织，作为交流前提，才加入组织的。为了逃避组织的追查，自己有一间秘密住所，但在死后被Gin发现。初登场：013“奇怪的寻人事件”。
　　Tequila（龙舌兰）――组织人物之一，已故。在一次交易中因拿错箱子被炸死。曾与电脑工程师